本殿　主祭神

• 彦波瀲武鸕鷀草葺不合尊（ひこなぎさたけうがやふきあえずのみこと）

天照大神の神勅によって高天原から日向国の高千穂に天降りした瓊瓊杵尊（ににぎのみこと）の孫。
父は彦火火出見尊（ひこほほでみのみこと）、母は海神の娘で豊玉毘売命（とよたまひめのみこと）。
「鵜の羽で屋根を葺ききらないうちに生まれた優れた男の神」の意。

• 玉依姫命（たまよりひめのみこと）

出産のときにワニになった姿を夫に見られたことを恥じて綿津見国に帰ってしまった姉の豊玉毘売命に代わり御子の乳母となりました。
後に養育した子である鸕鷀草葺不合尊の妃となり四皇子を産みました。

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本殿　祭神

• 五瀬命（いつせのみこと）
• 稲飯命（いないのみこと）
• 三毛入野命（みけいりののみこと）
• 神日本磐余彦尊（かむやまといはれびこのみこと）

鸕鷀草葺不合尊と玉依毘売命の間に生まれた四皇子です。
長兄の五瀬命は末子の神日本磐余彦尊と共に東征に向かいましたが途中で敵の矢に倒れ、負傷した五瀬命が矢傷を洗ったことから、現在の大阪湾は血沼海（ちぬのうみ）と呼ばれるようになりました。
神日本磐余彦尊は後に即位して初代天皇（神武天皇）となりました。

• 億斯富使主（おしふみのおみ）

樫井川流域を開発した日根造（ひねのみやつこ）は新羅からの渡来人の子孫であり、祖先の億斯富使主を祀ったとされています。

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摂社　比売神社（ひめじんじゃ）

• 天照大神（あまてらすおおかみ）
• 素戔嗚尊（すさのおのみこと）

日根神社創建の起源となった「日の神」天照大神と「根の神」素戔嗚尊を祀る。
古くは溝口大明神（みぞぐちだいみょうじん）とも称され、日根野村字溝口に鎮座していました。
いつのころか日根神社に遷され、かつては本殿と向かい合うようにして建てられており下の御前（しものごぜん）と呼ばれていました。

• 正覚太子（しょうかくたいし）

神功皇后が三韓征伐に出兵したところ正覚太子なる者が現れ皇后に神通の矢を授け討伐成功に助力しました。この太子は溝口大明神の化身であり、皇后と共に凱旋したこの神をお祀りしたのが比売神社だとされています。
このとき上陸した場所は船岡山であったと言われ、かつては日根神社の御旅所がありました。

• 衣通姫（そとおりひめ）

第19代・允恭天皇の皇后の妹姫。
大変美しく、その美しさが衣を通して輝くことからこの名が付いたと言われています。
本朝三美人の一人で、和歌に優れていたとされ和歌三神の一柱にも数えられています。
上之郷中村には衣通姫が住まわれた茅渟宮跡とされる伝承地があります。

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末社

新道宮（しんどうのみや）

• 菅原道真（すがわらのみちざね）

豊臣秀吉の根来攻めの責を負い村を追われた目源六（さがんげんろく）が建てた神社。
上之郷の母山と日根野の一部が氏子。

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野々宮丹生神社（ののみやにうじんじゃ）

• 丹生都比売大神（にうつひめのおおかみ）

日根野村井川沿いに鎮座していました。

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野口戎神社（のぐちえびすじんじゃ）

• 事代主神（ことしろぬしのかみ）

日根野村字野口に鎮座していました。

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岡前神社（おかざきじんじゃ）

• 素戔嗚尊（すさのおのみこと）

俵屋村（現在のの俵屋）に鎮座していました。

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赤之宮（あかのみや）

• 丹生都比売大神（にうつひめのおおかみ）

日根野村字辻花（現在の市場）に鎮座していました。

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十五社（じゅうごしゃ）

• 天神宮・稲荷宮・加茂宮・八幡宮・愛宕宮・多賀宮・吉野宮・安産宮・春日宮・熊野宮・祇園宮・熱田宮・住吉宮・恵比寿宮・金比羅宮

明治まで境内には20社の摂末社がありましたが、いづれも荒廃が著しかったため15の社を合祀し十五社として再建されました。